La centralina NON corregge i giri del motore, può agire in due modi per farti evitare danni:
1) Abbassa il flusso del carburante per evitare danni e in caso fa accendere la spia motore lasciando alla macchina un minimo di potenza
2) Fa accendere la spia motore e il motore non sale di giri.
Il fatto del tuo amico, digli di cambiar meccanico e alla svelta!
Non s'è mai vista una cosa simile!
Ricorda che con l'elettronica tutto (circa) deve andare come da programma in centralina, tutto ciò che è al di fuori dello "standard + una piccola parte in più" viene visto come errore/anomalia/guasto.
Se che ne so uno dei tantissimi sensori è guasto, legge un valore troppo alto o troppo basso o non legge proprio per evitar danni di qualsiasi genere....

spia motore accesa
Nel tuo caso, se è come penso io, hai un problema o di sporco nella chiocciola della turbina che blocca il movimento della geometria variabile, indi non permette di mantenere costante e al punto giusto la pressione di sovralimentazione, ma bensì va oltre il dovuto, con la conseguenza che se la centralina lasciasse iniettare la giusta quantità di gasolio o quella rapportata alla pressione che sta erogando... ti lascio immaginare i danni!
La turbina a geometria variabile è una così gran figata ma allo stesso tempo è delicata e sensibilissima alle variazioni indesiderate che possono essere indotte da sporco o da starature date dal tempo o da magari il non perfetto montaggio di un componente.
Credo che a te resti bloccata la geometria in posizione semichiusa, dove l'attuatore non riuscendo a far aprire la geometria, la pressione ti va alle stelle, e i colpi che senti sono i momenti in cui il motore riceve dalla centralina un apporto inferiore di gasolio, indi la pressione scende, poi torna dar la portata normale di carburante, la pressione sale e ricomincia il giro vizioso.
Se potessi essere sicuro che l'alberino o le bronzine della turbina non sono consumate e l'attuatore è montato correttamente, ti direi che ha solo bisogno di far una tirata per spurgarsi e ti spiego come evitar i colpi che trasmette il motore.
Purtroppo nel tuo caso onde evitar danni, vorrei andar per gradi e capire il vero motivo.
Il mio intento è di farti prendere dimestichezza con l'auto, in modo da conoscerla meglio ed evitare (a volte) tanti soldini spesi dal meccanico magari inutilmente.